Način rukovođenja zavisi od vrste organa. Ministarstvom rukovodi ministar, koji je funkcioner (nije državni službenik, nije u stalnom radnom odnosu, ne mora ispunjavati uslove kao drugi rukovodioci), a njegova odgovornost je pretežno političke prirode. Organom uprave u sastavu, posebnom organizacijom ili službom Vlade rukovodi državni službenik na položaju — to je profesionalizacija rukovođenja: mora ispunjavati uslove po Zakonu o državnim službenicima, položaj se popunjava konkursom, na stalnom je radu i odgovara u profesionalnom smislu.
U ministarstvu ministru pomažu državni sekretar (funkcioner koga postavlja Vlada na predlog ministra, mandat traje koliko i ministrov; ne može zamenjivati ministra jedino u glasanju na Vladi i donošenju propisa), pomoćnik ministra (rukovodi sektorom; državni službenik na položaju, postavlja ga Vlada na pet godina na predlog ministra) i sekretar ministarstva (kadrovska, finansijska i informatička pitanja; državni službenik na položaju, na pet godina).
Organom uprave u sastavu rukovodi direktor koga postavlja Vlada na predlog ministra na pet godina; posebnom organizacijom rukovodi direktor koga postavlja Vlada na predlog predsednika Vlade na pet godina; službom Vlade rukovodi direktor koga postavlja Vlada na predlog predsednika Vlade ili generalnog sekretara na pet godina. Svi ti direktori su državni službenici na položaju (konkurs, uslovi, stalni rad).