Upravljanje DOO može biti jednodomno ili dvodomno (određuje se osnivačkim aktom). Kod jednodomnog organi su skupština i jedan ili više direktora; kod dvodomnog — skupština, nadzorni odbor i jedan ili više direktora. U jednočlanom društvu funkciju skupštine vrši jedini član.
Skupštinu čine svi članovi; svaki član po pravilu ima pravo glasa srazmerno udelu (ne može se predvideti da član nema pravo glasa). Delokrug skupštine je širok: donosi izmene osnivačkog akta, odlučuje o statusnim promenama i promenama pravne forme, usvaja izveštaje, nadzire rad direktora, odlučuje o povećanju/smanjenju kapitala, raspodeli dobiti i pokriću gubitaka, imenuje i razrešava direktore i članove nadzornog odbora i imenuje revizora. Sednica se obavezno saziva na zahtev članova s najmanje 10% glasova (osnivačkim aktom i manje). Skupština po pravilu odlučuje običnom većinom prisutnih; kad se odlučuje o pitanjima koja ga se lično tiču (istupanje, isključenje), član ne može glasati.
Direktori su zakonski zastupnici društva. Ako broj nije određen, društvo ima jednog direktora; imenuje ga skupština (ili nadzorni odbor kod dvodomnog upravljanja). Ako nije drukčije određeno, mandat direktora nije ograničen.