Potreba za unutrašnjom kontrolom u neposrednoj je vezi sa ovlašćenjima koja primenjuju komunalni milicionari. Kao opšte pravilo, organi kojima zakon dodeljuje naročita ovlašćenja (posebno ona kojima se mogu naneti povrede ljudskim pravima) treba da imaju organizovane službe za unutrašnju kontrolu rada svojih zaposlenih.
ZKM je uneo odredbe o unutrašnjoj kontroli, ali njeno postojanje NIJE utvrdio kao obavezu, već kao mogućnost o čijem korišćenju odlučuju JLS. Unutrašnja kontrola postojaće ako se predvidi aktom o obrazovanju i uređenju komunalne milicije, odnosno opštinske/gradske uprave.
Ako postoji, unutrašnja kontrola se organizuje kao posebna unutrašnja organizaciona jedinica u sastavu komunalne milicije; zadatak joj je kontrola rada komunalnih milicionara i drugih zaposlenih. Uzor je Sektor unutrašnje kontrole policije u MUP-u, pa se na te poslove shodno primenjuju propisi koji uređuju unutrašnje poslove; traži se visoka stručna sprema.