Zbog ovlašćenja za zadiranje u prava i primenu prinude, nad radom komunalne milicije uspostavljena je i posebna unutrašnja kontrola, po ugledu na kontrolu u policiji. Unutrašnju kontrolu vrši organ, odnosno lice određeno aktom o unutrašnjem uređenju i sistematizaciji, uz obavezu poštovanja pravila o zakonitosti i pravilnosti primene ovlašćenja.
Poseban značaj ima kontrola zakonitosti primene sredstava prinude: o svakoj upotrebi sredstava prinude komunalni milicionar podnosi pisani izveštaj, koji se ocenjuje radi utvrđivanja da li je upotreba bila zakonita i pravilna. Ako se utvrdi nezakonita ili nepravilna upotreba, preduzimaju se mere za utvrđivanje odgovornosti.
Građani i pravna lica imaju pravo da podnesu pritužbu na rad komunalnog milicionara ako smatraju da su im nezakonitom ili nepravilnom radnjom povređena prava ili slobode. Pritužba se razmatra u propisanom postupku, a o njoj se vodi posebna evidencija. Kontrola primene ovlašćenja i pritužbeni postupak zajedno štite prava građana i obezbeđuju zakonitost rada službe.