Osnovna karakteristika unutrašnjeg uređenja organa državne uprave je hijerarhijska, piramidalna organizacija (slična vojnoj). Na vrhu piramide je ministar (direktor), zatim državni sekretar, pa pomoćnik ministra, ispod su načelnici odeljenja, šefovi odseka i rukovodioci grupa, a na osnovi su državni službenici i nameštenici. Unutrašnje uređenje i sistematizacija zasnivaju se na načelima koje je Vlada odredila posebnom uredbom.
Unutrašnje jedinice su osnovne, posebne i uže. Osnovna jedinica je sektor (rukovodi pomoćnik ministra). Posebne jedinice su sekretarijat (samo u ministarstvu — kadrovska, finansijska i informatička pitanja) i kabinet ministra (savetodavni, protokolarni i tehnički poslovi; rukovodi šef kabineta koga postavlja ministar). Uže jedinice su odeljenje (najmanje 8 zaposlenih), odsek (najmanje 5) i grupa (najmanje 3); njima rukovode načelnik odeljenja, šef odseka i rukovodilac grupe.
U oblike unutrašnjeg uređenja spadaju i upravni okruzi — podручni centri državne uprave za vršenje poslova van sedišta organa. Obrazuje ih Vlada uredbom, a obrazovano je 29 upravnih okruga. Upravni okrug ima načelnika (postavlja ga Vlada na pet godina na predlog ministra nadležnog za upravu, odgovara tom ministru i Vladi), stručnu službu i Savet upravnog okruga (čine ga načelnik i predsednici opština i gradonačelnici sa područja okruga).