Vršenje inspekcijskog nadzora odvija se u skladu s planom nadzora, uz mogućnost odstupanja samo zbog „naročito opravdanih izuzetnih okolnosti“ koje inspekciju sprečavaju da vrši nadzor po planu (okolnosti moraju biti izuzetne i nepredvidive; odstupanje bez takvih razloga je prekršaj za koji se kažnjava rukovodilac inspekcije). Donose se dve vrste planova: strateški (višegodišnji) i godišnji plan; u realizaciji godišnjeg donose se operativni planovi (polugodišnji, tromesečni, mesečni). Svi planovi se zasnivaju na utvrđenom stanju i proceni rizika.
Obaveznu sadržinu plana čine, između ostalog: ciljevi (u merljivim efektima) i način postizanja; učestalost i obuhvat nadzora po oblastima i stepenima rizika; pregled nadziranih subjekata (ili delatnosti/aktivnosti); teritorijalno područje; procenjeni rizik; period vršenja; oblici nadzora; podaci o resursima; planirane preventivne mere i mere protiv neregistrovanih subjekata; i očekivani obim vanrednih nadzora.
Inspekcija priprema predlog plana i pribavlja mišljenja nadležnih organa državne uprave, organa s povezanim delokrugom i Koordinacione komisije. Predlog godišnjeg plana za narednu godinu dostavlja se Koordinacionoj komisiji najkasnije do 1. decembra tekuće godine; po pribavljenom mišljenju, smernicama i uputstvima Komisije, godišnji plan se usvaja do 31. decembra i objavljuje na internet stranici inspekcije. Neobjavljivanje plana je prekršaj za koji se kažnjava rukovodilac inspekcije.