U ekosistemu se materija stalno kruži. Proizvođači uzimaju materije iz nežive prirode (vodu, ugljen-dioksid, mineralne materije) i stvaraju organske materije. Te materije prelaze na potrošače kroz ishranu. Razlagači razlažu uginule organizme i otpad, vraćajući materije nazad u neživu prirodu, odakle ih ponovo koriste proizvođači. Tako se ista materija koristi iznova.
Za razliku od materije koja kruži, energija protiče kroz ekosistem u jednom smeru. Osnovni izvor energije je Sunce. Biljke fotosintezom pretvaraju sunčevu energiju u hranu, a od njih energija prelazi na potrošače. Pri svakom prelasku deo energije se gubi (kao toplota), pa energija mora stalno da se obnavlja od Sunca. Zato materija kruži, a energija protiče.
Zdrav ekosistem je u ravnoteži — brojnost vrsta i odnosi među njima su uravnoteženi, tako da se ekosistem održava. Ravnoteža nije nepromenljiva, ali se održava kroz odnose ishrane i uslova. Ako se ravnoteža naruši (npr. prekomernim lovom, zagađenjem, unošenjem strane vrste), može doći do velikih poremećaja — prenamnoženja jednih i nestanka drugih vrsta. Zato je očuvanje ravnoteže važno.