Javna agencija je organizacija koja se osniva za razvojne, stručne ili regulatorne poslove od opšteg interesa, ako ti poslovi ne zahtevaju stalan i neposredan politički nadzor i ako ih javna agencija može bolje i delotvornije vršiti nego organ državne uprave (naročito ako se mogu finansirati od cene koju plaćaju korisnici usluga). Osnovne karakteristike su specifičnost poslova, (odsustvo stalnog) politički nadzor i mogućnost pružanja usluga na tržištu. Opšta pravila propisana su Zakonom o javnim agencijama iz 2005, ali se agencija osniva samo ako je posebnim zakonom predviđeno.
Javna agencija je samostalna u radu — Vlada ne može usmeravati njen rad ni usklađivati ga sa radom organa državne uprave. Finansira se iz cene usluga, poklona i priloga pokrovitelja, iz budžeta RS (za poverene poslove) i drugih prihoda. Prava osnivača u ime RS vrši Vlada, a mogu joj se posebnim zakonom poveriti: donošenje propisa za izvršavanje zakona, rešavanje u prvom stepenu u upravnim stvarima, izdavanje javnih isprava i vođenje evidencija.
Organi javne agencije su upravni odbor i direktor. Upravni odbor usvaja godišnji program rada i finansijski plan, donosi opšte akte (osim pravilnika o unutrašnjoj organizaciji) i usmerava rad direktora; članove imenuje osnivač na pet godina (mogu ponovo), a odluke donosi većinom svih članova. Direktor zastupa agenciju, rukovodi radom i donosi pravilnik o unutrašnjoj organizaciji; imenuje ga osnivač na pet godina posle javnog konkursa koji sprovodi upravni odbor.